Sektioner under “Memory Lane” er skrevet med “løs hånd” for at sætte lister med projekter, publikationer etc. lidt i kontekst. De opdateres af og til når hukommelsen “synes”. (1/3-2014)
Memory Lane 2
1971-83: Efteruddannelse, Mønstergenkendelse og Kromosomer
- 1971-79, Laboratoriet for Elektronik, DTH
- 1971-73, Forstudie til Licentiatstudium (PhD)
- 1971-73, Timelærer, Århus/Københavns Teknika
- PhD-studium om Mønstergenkendelse
(Pattern Recognition) til Automatisk Kromosomanalyse - 1972-79, Samarbejde med Rigshospitalets Kromosomlaboratorium
- Europæiske Kromosom Workshops:
Lyngby 1978 og Edinburgh 1981. - 1979-83, Edinborg, Skotland: ansat ved
Pattern Recognition Section, CAPCU, Wester General Hospital,
MRC Medical Research Council, Edinburgh,
Forstudie til Licentiatstudium (PhD) fra 1971-73
Hovedbygning 101, Danmarks Tekniske Højskole (DTH/DTU)
Sammen med en anden teknikumingeniør, forsøgte vi som de første at læse videre på DTH. Ind til da ville diplom fra Teknika kun give merit for adgangskursus. Der var imidlertid lavet en ordning for akademiingeniører med et forstudium til licentiat-studium på ca. 2 år så de derefter kunne søge licentiat studium hhv. stipendium på lige fod med civilingeniører. Denne ordning blev nu åbnet også for teknikum-ingeniører, og jeg var en af de første, der prøvede denne nye ordning. Der blev lavet individuelle studieplaner på baggrund af detaljerede beskrivelser af tidligere studier og anvendte lærerbøger. Vi blev også tildelt mindre “forstudie-stipendier”.
Timelærer, Århus’ og Københavns Teknika 1971-73
For at klare økonomien blev der suppleret med samtidige ansættelser som timelærer ved både Århus Teknikum og ved Københavns Elektro-Teknikum.
Laboratoriet for Elektronik, Bygn. 344, DTH, 1971-79
Kort over “Sletten” på Lundtofte, Danmarks Tekniske Højskole (DTH/DTU)
Jeg blev tilknyttet Laboratoriet for Elektronik, hvor jeg blev vel modtaget og fik et “hjørne”. Laboratoriet blev ledet af professor Georg Bruun, og senere blev Dr. techn. Peter Becker min vejleder.
Kurserne blev fulgt sammen med de øvrige noget yngre studerende. Det gik stort set udmærket, men begreber som “gyldighed ved uendelig” og “tilstrækkelige hhv. nødvendige betingelser” gav anledning til nye måder at tænke på. Noget af matematikken voldte lidt problemer, mens andet som f.eks. kompleks funktionsteori gik meget fint.
Interessen var i udgangspunktet billedanalyse, der blev suppleret med mere generel mønstergenkendelse. Et samarbejde blev i 1972 indledt med Kromosom-laboratoriet ved Rigshospitalet (KLRH), Forstudiets “eksamensarbejde”, november 1973, “Automatisk Klassifikation af Kromosomer” beskrev dels billedbehandling til ekstraktion af kromosomernes båndmønstre, dels eksempel på at syntaktiske metoder evt. kunne håndtere det typekarakteristiske i bånd-sekvenserne i forhold til deres mange variationer.
[1.1]
Licentiat-studium og automatisk kromosomanalyse 1973-76-78-79
DTH gav Licentiat studium og stipendium (3 år, 1973-76) og samarbejdet forsatte med KLRH. Efter stipendiet søgtes med dem forsat midler til udvikling af metoder og et system til automatisk (eller automatiseret) kromosom-analyse. Der blev opnået forsker-stipendier fra Danske Forskningsråd 1976-78 og fra Helsefonden 1978-79.
[3.1, 3.4, 4.2, 4.4, 5.1, 5.3]
Vi havde internationalt samarbejde – først i Holland og Belgien – senere flere i Europa, og sidst i 70’erne med støtte fra EF (CEC). I 1978 organiserede jeg “The 78 European Workshop on Automated Human Cytogenetics”, Den blev afholdt i Lyngby på Hotel Eremitage med ca. 60 deltagere fra 10 lande. Senere også samarbejde med USA. Licentiatarbejdet og i særdeleshed samarbejdet med KLRH resulterede i et antal publikationer.
[2.1, 2.2, 2.3, 2.4, 2.5, 2.6, 2.8, 2.9, 2.10, 2.11, 3.2, 3.3x, 4.1, 5.2]
MRC, Edinburgh 1979 – 1983
I 1979 løb jeg ud af funding-muligheder i Danmark og fik et tilbud fra Dr. Dennis Rutovitz, der var leder af en af de stærkeste Europæiske Grupper inden for feltet ved CAPCUE, Clinical and Population Cytogenetics Unit, Edinburgh, under MRC, (Det britiske medicinske forskningsråd), Jeg arbejdede i Dennis’ Pattern Recognition Section, og fik af STVF et supplerende udlandsstipendium. Der blev råd til at hele familien, kone og tre børn, kunne flytte med. Vi solgte hus i Danmark og købte et i Edinborg.
[1.2]
CAPCUE brugte en “familie” af britiske “Modular One” computers programmeret i traditionelt FORTRAN. Jeg deltog i test og udvidelse af deres kromosomanalyse program “WOOLZ” – en “woolly sag”, der spøgefuldt havde kælenavnet “Worked Only Once Last Zummer”.
[2.7, 4.6]
I 1981 afholdt vi i Edinborg “The IVth European Chromosome Analysis Workshop”, hvor jeg præsenterede datidens bedste resultater (fra DK) for klassifikation og karyotypering af humane kromosomer. Verdensmester for nogle få måneder indtil der blev udviklet mere avanceret statistisk support for karyotypering (koordineret klassifikation af alle 46 kromosomer i en celle).
[3.5]
Man arbejdede også med sandtids billedanalyse med FIP-teknologi (Fast Interval Processing) i forbindelse med skanning af præparater – dels for at finde positionen af “metafaser” til kromosomanalyse – dels for at undersøge “Cervical smears” for livmoderhalskræft. Præparatet blev ført hurtigt forbi et lineært kamera med 1024 pixels og med en my per pixel kunne et 2*4 cm område skannes på et minut. Pixels fra kameraet blev sendt til den den hjemmelavede FIP-processor med 8 Mhz og featurevektorer fra de detekterede billed-intervaller sendtes videre til en “hurtig” Plessey Miproc computer. FIP-teknologien kom med til Aalborg til inspiration for sandtidsanalyse af levende billeder – 8 MHz svarede til videohastighed.
[3.7a, 4.3, 4.5, 4.7, 5.4]
Der blev også anskaffet en helt “moderne” computer, Wax-11 fra DEC (Digital Equipment Corporation), med operativsystemet UNIX. Både Wax’en og UNIX var meget lærerige bekendskaber, der gav nyttige erfaringer.
Under deltagelse i et NATO Science Seminar “PATTERN RECOGNITION THEORY AND APPLICATIONS” mødte jeg Michael Thomason fra University of Tennessee, Knoxville. Vi fik et mangeårigt produktivt samarbejde om syntaktiske metoder. Vi mødtes i Edinborg, Knoxville og Aalborg.
[1.3, 3.7b]
PUBLIKATIONER I PERIODEN 1971 – 1983
1. Theses and Contributions to Research Monographs
1.1 Automatisk Klassifikation af Kromosomer. (M.Sc. Thesis), Electronics Laboratory, The Technical University of Denmark, Lyngby, November 1973. 85 pages.
1.2 Pattern Recognition Aspects of Chromosome Analysis. Computerised and Visual Interpretation of Banded Human Chromosomes. (Ph.D. Thesis), Electronics Laboratory, The Technical University of Denmark, Lyngby, Dec. 1980. 303 pages.
1.3 Application of Statistical and Syntactical Methods of analysis and Classification to Chromosome Data. In: PATTERN RECOGNITION THEORY AND APPLICATIONS, J. Kittler, K.S. Fu, L.F. Pau (eds), D. Reidel Publ. Comp., Dordrecht, Boston, London, 1982, pp 373-398. (Invited.)
2. Publications in refereed Journals
2.1 Microphotometry of Banded Human Chromosomes III. Scanning on Photographic Negatives. C. Lundsteen and E. Granum. Clinical Genetics 1976: 10: 33-40.
2.2 Visual Classification of Banded Human Chromosomes I. Karyotyping compared with Classification of Isolated Chromosomes. C. Lundsteen, A.M. Lind and E. Granum. Ann.Hum.Gen., Lond.(1976), 40, pp 87-97.
2.3 Visual Classification of Banded Human Chromosomes II. Classification and Karyotyping of Integrated Density Profiles. C. Lundsteen and E. Granum. Ann.Hum.Gen., Lond.(1977), 40, pp 431-442.
2.4 Automatisk Kromosomanalyse. En introduktion til problematik, metodik og resultater. (Automatic Chromosome Analysis. An Introduction to problems, methods and Results.) C. Lundsteen, J. Philip og E. Granum. Ugeskrift for Læger (Weekly Journal of Danish Medical Doctors). 139/37: 2173-2178 (1977).
2.5 Descriptions of Chromosome Banding Patterns by Band Transition Sequences. A new basis for Automated Chromosome Aanalysis. C. Lundsteen and E. Granum. Clinical Genetics 1979: 15: 418-429.
2.6 Visual Classification of Banded Human Chromosomes III. Classification and Karyotyping of Density Profiles described by Band Transition Sequences. C. Lundsteen and E. Granum. Clinical Genetics 1979: 15: 430-439.
2.7 Automation of Chromosome Analysis. J. Piper, E. Granum, D. Rutovitz and H. Ruttledge. Signal Processing 2 (1980) 203-221. (Invited paper.)
2.8 Automatic Chromosome Analysis I. A Simple Method for Classification of B- and D-Group Chromosomes represented by Band Transition Sequences. C. Lundsteen, B. Bjerregaard, E. Granum, J. Philip and K. Philip. Clinical Genetics 1980: 17: 183-190.
2.9 Quantitative Analysis of 6985 Digitised Trypsin G-Banded Human Metaphase Chromosomes. C. Lundsteen, J. Philip and E. Granum. Clinical Genetics 1980: 18: 355-370.
2.10 Automatic Chromosome Analysis II. Karyotyping of Banded Human Chromosomes using Band Transition Sequences. C. Lundsteen, T. Gerdes, E. Granum, J. Philip and K. Philip. Clinical Genetics 1981: 19: 26-36.
2.11 An Efficient Multiple-Cell Approach to Automatic Aneuploidy Screening. A.D. Carothers, D. Rutovitz and E. Granum. Analytical and Quantitative Cytology, Vol. 5 No. 3, September 1983, pp 194-200.
3. Publications in Proceedings of Scientific Meetings
3.1 Automatisk Klassifikation af Kromosomer. (Automatic Classification of Chromosomes). TOPICS IN PATTERN RECOGNITION. L.F. Pau (ed.), Proceedings of seminar on Pattern Recognition and Control Theory. IMSOR, Techn. Univ. Denmark, Lyngby, August 1973. pp 121-159.
3.2 Visual Klassification of Banded Human Chromosomes. Karyotyping Compared with Classification of Isolated Chromosomes. C. Lundsteen, A.M. Lind and E. Granum. AUTOMATION OF CYTOGENETICS, Asimolar Workshop, Pacific Grove, California, Nov 30 – Dec 2, 1975. M.L. Mendelsohn (ed.), LawrenceLivermore Lab., CONF-751158. pp 110-117.
3.3 PRECEEDINGS OF THE 78 EUROPEAN WORKSHOP ON AUTOMATED HUMAN CYTOGENETICS, Nov 30 – Dec 1, 1978, Lyngby. E. Granum and B. Jakobsen (eds.), Electronics Lab. (B977), Techn. Univ. Denmark, Lyngby, Nov 23 1978.:
a) Estimation of Profitability of updated “JPL-System”.
E. Granum and C. Lundsteen. p. S2.4.
b) Interactive Systems with Automatic Facilities OR Automatic Systems
with Interactive Facilities?? E. Granum. p. S2.5.
c) Information Level(s) of Output Format? E. Granum. p.S3.5.
d) Band Pattern Derivation from Digitized Chromosome Images.
E. Granum and C. Lundsteen. pp S5.2-3.
e) On Normalization of Simple Chromosome Features.
E. Granum and T. Gerdes. p.S5.4
f) Description of Chromosome Banding Patterns by Band Transition Sequences. A new Basis for Automated Chromosome Analysis.
C. Lundsteen and E. Granum. p. S5.8.
g) A Quantitative Analysis of the Banding Patterns of 6985 G-Banded Human Chromosomes. C. Lundsteen and E. Granum. p. S5.9.
h) Visual Classification and Karyotyping of Banded Human Chromosomes Described by Band Transition Sequences.
C. Lundsteen and E. Granum. p. S6.4.
i) Automatic Classification of Chromosomes Described by Band Transition Sequences Using Baye’s Discriminant Analysis.
C. Lundsteen, B. Bjerregaard, K. Philip, J. Philip and E. Granum. p. S6.5.
j) Automatic Karyotyping by Coordinated Stepwise Classifications.
E. Granum and C. Lundsteen. p. S6.7.
3.4 Om anvendelse af statistiske metoder i automatisk kromosomanalyse: Et multiklasse problem i forbindelse med ensemblevis givne data. (On the Application of Statistical Methods in Automatic Chromosome Analysis: A Multiclass Problem in Connection with Ensemble Wise given Data.) E. Granum and C. Lundsteen. Proc. SYMPOSIUM I ANVENDT STATESTIK, TEKNOMETRI OG BIOMETRI, Jan 24-25 1979, NEUCC, Techn. Univ. Denmark, Lyngby. A. Hoeskuldson, K. Conradsen og J. Stene (eds.), Polyteknisk Forlag og Boghandel, Lyngby, Jan 1979. pp 217-259.
3.5 PROCEEDINGS OF IVth EUROPEAN CHROMOSOME ANALYSIS WORKSHOP, Edinburgh, March 25-27 1981. E. Granum (ed.), MRC, Clinical and Population Cytogenetics Unit, Edinburgh, 1981:
a) Simple Weighted Density Distributions, WDDs, for Discrimination between G-banded Chromosomes. E. Granum, T. Gerdes and C. Lundsteen. pp 4.6.1-5.
b) Interaction or Automation? D. Rutovitz and E. Granum. pp 6.4.1-2.
c) The Mk 2 Edinburgh Metaphase Finder. E. Granum. pp 8.1d.1-3.
3.6 Metaphase Finding Using a Fast Interval Processor, Metafip. G. Shippey, R. Bayley and E. Granum. ISMIII ’82, Proceedings of the First IEEE Computer Society Intermational Symposium on Medical Images and Image Interpretation, Berlin, October 26-28, 1982. pp 349-357.
3.7 PROCEEDINGS OF THE Vth EUROPEAN CHROMOSOME ANALYSIS WORKSHOP, Heidelberg, October 19-21 1983, W. Schlegel and J. Bille (eds.):
a) Methaphase Finding Using a Fast Interval Processor, METAFIP. G. Shippey, R. Bayley and E. Granum. pp 3.5.1-13.
b) Classification and Analysis of Banded Chromosomes Using Automatically Infered Syntax. E. Granum and M.G. Thomason. pp 6.6.1-4.
4. Contributions to Scientific Meetings
4.1 In: POSTER PRESENTATIONS AT THE 5th ENG. FOUND. CONF. ON AUTOMATED CYTOLOGY, Pensacola, Florida, Dec 12-17, 1976. E.M. Sullivan (ed.), Los Alamos Scientific Lab., NTIS conf LA-6719-C, February, 1977:
a) Visual Karyotyping and Classification of Photographic Prints and Profiles of Human Chromosomes. C. Lundsteen, J. Philip and E. Granum. p. 24.
b) Band Pattern Detection in Digitised Chromosome Images. E. Granum and C. Lundsteen. pp 44-45.
c) Directionally Determined Filtering in Special Image Processing Applications (Analysis of Images of Banded Chromosomes). E. Granum. pp 45-46.
4.2 Progress on Band Pattern Derivation from Digitized Chromosome Images. E. Granum and C. Lundsteen. In: PROCEEDINGS OF IV NORDIC MEETING ON MEDICAL AND BIOLOGICAL ENGINEERING (IFMBE), June 29 – July 2, 1977, Techn. Univ. Denmark. Lyngby. pp 63.1-3.
4.3 Comparison of four methaphase finding systems. P.L. Pearson, J. Vrolijk, M. Bresser, E. Granum, C. Taylor and H. v.d.Berg. Presentation at The Oxford Chromosome Conference, Aug 26-30, 1980.
4.4 Application of Statistical and Syntactical Methods of analysis and Classification to Chromosome Data. NATO Advanced Study Institute on Pattern Recognition Theory and Applications, Oxford, March 29 – April 10, 1981. (Invited)
4.5 Application of Linear Image Sensors to High Speed Image Analysis. G. Shippey, R. Bayley, S. Farrow, R. Lutz, J Tucker and E. Granum. Presentation at the 1982 Conference on High Resolution Image Analysis, Jan 24-26 1982, North Hollywood, California.
4.6 Feature Selection and Classification, Presentation at one day meeting “Computational Techniques in Image Processing”, Computational Physics Group, The Institute of Physics, QueenElizabethCollege, London, 25 March 1982. (Invited)
4.7 Real Time Thresholding of data from Continuous Scanning Linear Arrays. E. Granum, G. Shippey, R. Bayley and G. Hamilton. Presentation at The Third Scandinavian Conference on Image Analysis, Copenhagen, July 12-14 1983.
5. Technical Reports, etc.
5.1 Om billedbehandling paa Regnemaskine. (On Image Processing by Computer.) Electronics Laboratory (R154), Techn. Univ. Denmark, Lyngby 1977. 40 pages. (2nd issue August 1978.)
5.2 Notat vedroerende “JPL-systemet” til automatisk kromosomanalyse: Muligheder for forbedring af funktionsprincip og programmel. (Notes on the “JPL-System” for automated chromosome analysis: Possibilities of improving software and operational design.) Electronics Laboratory (AACHC-6201/LE-1694), Techn. Univ. Denmark, Lyngby, October 1978. 36 pages. (2nd issue December 1978.)
5.3 Brugerspecification af ACKS, Automatic Chromosome Karyotyping System. (User Specification). T. Gerdes og E. Granum. Electronics Laboratory (AACHC-3521), Techn. Univ. Demark, Lyngby, November 1979. 132 pages.
5.4 Finding and Missing Metaphases for Aberration Scoring. METAFIP Pilot Study, October 1982. E. Granum, G. Hamilton, G. Shippey and J. Gordon. Memorandum, MRC/CAPCU Edinburgh, 1982. 12 pages.
——-slut